Dans les années 1640, Madagascar devient le théâtre de multiples tentatives de colonisation française, centrées autour du Fort-Dauphin, une colonie française fondée en 1643 sur la côte sud-est de l’île. Cependant, les débuts de cette colonie furent marqués par de nombreuses tensions, révoltes, et rivalités. Le commandant Jacques Pronis, en poste à Fort-Dauphin, fut rapidement contesté, suscitant de vives critiques de la part des colons et des Malgaches. À cela s’ajoutaient des conflits internes, des trahisons, et des mutins qui finirent par plonger la colonie dans le chaos.
En 1646, les tensions atteignent leur apogée. Une trentaine de colons se soulèvent contre l’autorité de Pronis, ce qui mène à leur arrestation et leur déportation vers Mananzara. Cependant, une tempête renverse la barque qui les transporte, permettant aux mutins de revenir au Fort-Dauphin, menaçant d’en prendre le contrôle. Malgré cette insurrection, Pronis, avec l’aide du commandant Le Bourg, parvient à apaiser la situation en négociant une amnistie générale. Pourtant, une poignée de meneurs restent dans le collimateur des autorités.
C’est à ce moment qu’intervient une décision à la fois punitive et expérimentale : douze des principaux mutins, dont trois ou quatre Français, sont capturés, rasés, et mis aux fers. Plutôt que de les exécuter ou de les emprisonner, Pronis propose une solution radicale : ils seront exilés sur l’île Bourbon, alors déserte et inexplorée. Cette décision servira non seulement à se débarrasser des mutins, mais aussi à tester la capacité de survie dans cette île sauvage, que la France envisage de coloniser. Le 15 août 1646, les douze hommes, dont les noms restent pour la plupart inconnus, sont abandonnés à leur sort sur la ravine Saint-Jean, à l’est de l’île Bourbon. Jean Leclerc, dit « des Roquettes », est mentionné comme leur chef.
Durant leur exil de trois ans, les mutins divisent rapidement le groupe en deux : les Noirs occupent la rive droite de la ravine, qu’ils nomment « l’Habitation de l’Assomption », tandis que les Blancs s’installent sur la rive gauche, baptisée « Quartier Français ». Malgré leurs conditions précaires — sans vêtements, outils ou ressources — ils parviennent à survivre grâce à leur ingéniosité et leur foi. De fervents catholiques, ils construisent des croix partout sur l’île et nomment plusieurs lieux d’après des saints, tels que Saint-Gilles ou Cap Bernard.
L’un des exilés aurait même caché dans sa poche quelques graines de melon d’eau (pastèque), qu’il planta sur l’île, introduisant ainsi pour la première fois une culture qui y laissera une trace indélébile.
Pendant ce temps, à Fort-Dauphin, la situation évolue. Le 3 décembre 1648, le Chevalier Étienne de Flacourt arrive pour reprendre en main la colonie. Ce naturaliste de renom et capitaine de vaisseau, envoyé par les autorités françaises pour rétablir l’ordre, constate rapidement les abus et les dysfonctionnements sous la gestion de Pronis. Pourtant, au début, il collabore avec lui, le temps de prendre la mesure des accusations portées contre l’ancien commandant. Progressivement, Flacourt parvient à réintégrer les colons qui avaient fui Fort-Dauphin sous le règne autoritaire de Pronis.
Flacourt, mis au courant de la déportation des douze mutins, ordonne leur rapatriement. En août 1649, après plusieurs tentatives infructueuses, une barque est envoyée pour récupérer les exilés sur l’île Bourbon. À la surprise générale, ils sont tous retrouvés en parfaite santé après trois ans d’isolement. Aucun d’entre eux n’a souffert de maladies graves ou de fièvre malgré les conditions rudimentaires. Le récit enthousiaste de leur survie est si impressionnant que Flacourt décide de renvoyer des colons volontaires sur l’île, cette fois équipés de semences, d’outils, et d’armes, pour tenter une première vraie colonisation.
Ainsi, ces douze mutins, envoyés sur l’île Bourbon en guise de punition, deviendront, par la force des choses, les premiers habitants français de l’île. Leur survie, dans des conditions extrêmes, non seulement marque le début de la colonisation française de l’île Bourbon — future Réunion — mais prouve également que cette terre peut accueillir des colons. L’histoire de ces hommes illustre la manière dont une sentence brutale s’est transformée en un épisode fondateur pour la future colonie française de la Réunion.
Sous l’égide de Flacourt, la colonie de Fort-Dauphin continue de se développer, mais l’envoi des mutins sur l’île Bourbon reste un moment clé de cette époque, témoignant des débuts chaotiques et passionnants de l’expansion française dans l’océan Indien.